Tijdens de voorbereidingen voor pakjesavond ontdekt Bakpiet via PietGPT een oud recept voor rode pepernoten. Hij wil Sinterklaas ermee verrassen, maar al snel blijkt dat de pepernoten een bijzondere bijwerking hebben. Iedereen die ervan eet, raakt in een trance en veroorzaakt onbewust overal in Nieuwegein de grootste chaos.

Samen met Keesje, Hoofdpiet, TechPiet, de politie en vele inwoners gaat Sinterklaas op zoek naar de oorzaak van de mysterieuze onrust. Hun enige kans om de stad én pakjesavond te redden, is het bakken van de legendarische blauwe pepernoot: het enige tegengif tegen de rode pepernoten. Maar dat is alles behalve eenvoudig. Als dat maar goed gaat.

Sinterklaas en het Geheim van de Rode Pepernoot is een avontuurlijke familiefilm vol humor, spanning en herkenbare locaties in Nieuwegein. De film laat zien dat samenwerking, gezond verstand en omzien naar elkaar uiteindelijk belangrijker zijn dan technologie alleen.